De Tweede Wereldoorlog heeft het doorgeven van kennis en traditie op wrede wijze verstoord. De manuscripten en boeken werden naar Duitsland getransporteerd, vanwaaruit zij in 1946 grotendeels, maar met enige schade zijn teruggekeerd.

In de periode na de Tweede Wereldoorlog ontbrak het Ets Haim aan de financiële draagkracht om het gebouw en de collectie goed te kunnen beheren. In de jaren 70 liep de continuïteit van Ets Haim zelfs gevaar doordat de bewaarcondities in het historische gebouw verslechterden en door een gebrek aan geld en personeel.

Om het zekere voor het onzekere te nemen hebben de Regenten van Ets Haim daarom in 1978 de kerncollectie (alle 500 handschriften en ruim 2.800 oude, zeldzame en kostbare drukken) in langdurige bruikleen gegeven aan de Jewish National and University Library te Jeruzalem. In 2000 keerden alle werken terug naar de inmiddels gerestaureerde en geklimatiseerde historische locatie te Amsterdam.